Endoskopija je vizuelna pretraga unutrašnjosti šupljih organa korišćenjem endoskopa kojim se, za razliku od drugih medicinskih tehnika , ulazi direktno u posmatrani organ.
U gastroenterologiji, savremene endoskopske metode pružaju uvid u kompletan gastrointestinalni trakt: gornja endoskopija, ili gastroskopija, u stanje jednjaka, želuca i dvanaestopalačnog creva (ezofagogastroduodenoskopija), kolonoskopija u stanje debelog i manji deo tankog creva, fleksibilna rektosigmoidoskopija u stanje završnog dela debelog creva (sigmoidnog creva i rektuma).